국방과 관련한 임시 기구로 설립되었다가 임진왜란을 거치면서 국정 전반을 실질적으로 총괄했던 관서.
조선은 건국 초기부터 외적의 침입에 보다 적절하게 대응하기 위해 영의정⋅좌의정⋅우의정을 포함하는 원로 재상들과 병조, 국경 지방의 주요 관직을 역임했던 인물들을 불러 군사 대책에 대해 협의했다. 성종(成宗, 재위 1469~1494)의 재위기 이후 이들을 지변사재상(知邊事宰相)이라고 부르게 되었다.
지변사재상은 국방과 관련된 정책을 결정할 때 항상 참여했던 것은 아니었다. 하지만 국방 문제의 해결을 위한 전문가들의 의견이 지속적으로 필요했기 때문에 이들의 역할은 중요하게 취급되고 있었다.
1510년(중종 5) 삼포왜란(三浦倭亂)이 발생하자 지변사재상을 긴급하게 소집해서 왜구에 대한 방어 대책과 왜란의 수습 방안 등을 논의했다. 아울러 상황에 따라 운영했던 지변사재상의 논의와 합의 체제를 고쳐 비변사라는 임시 기구를 설립했다. 국방상 긴급을 요구하는 사안에 대해 좀 더 적절하게 대응하기 위한 목적이었다. 이후 여진 세력의 침입과 정벌 등의 업무를 수행하기도 했다.
비변사는 한동안 정식 관청으로 지정되지 못했다가 1554년(명종 9) 후반부터 잦아진 외적의 침입과 1555년(명종 10)에 발생한 을묘왜변 등으로 인해 독립된 합의 기관으로 승격되었다. 결국 1592년(선조 25) 임진왜란이 일어나자 국가의 위기를 수습하고 일본군과의 전쟁을 수행하기 위해 비변사가 최고 기관의 역할을 수행하게 되었다. 이 과정을 통해 비변사의 기능이 대폭 확대되어 군사와 관련된 모든 업무를 담당했으며, 인사와 왕실의 문제까지 처리하게 되었다. 이후 비변사는 국정 전반을 관리하는 기관으로 위상이 더욱 높아졌다.
비변사는 조선 후기 내내 최고 정무 기관으로 유지되다가 흥선대원군의 개혁으로 폐지되었다. 대원군은 1864년(고종 1) 국가 기구 재정비를 단행하여 의정부의 기능을 회복하고 비변사의 사무는 종전대로 외교⋅국방⋅치안만 관장하게 하였다. 이듬해인 1865년에는 폐지하여 의정부에 통합시켰으며, 삼군부(三軍府)를 부활시켜 군무를 처리하게 하였다.